Das Roemer-Museum Hildesheim wurde 1844 von einem Verein ins Leben gerufen, seitdem gilt der Jurist, Senator und Geologe Hermann Roemer als Museumsgründer.

Der rund 40 Jahre in Kairo lebende Kaufmann, Bankier und Konsul Wilhelm Pelizaeus stiftete 1907 seine Sammlung ägyptischer Funde seiner Heimatstadt. Am 29. Juli 1911 wurde das Pelizaeus-Museum eröffnet. Die Alt-Ägypten-Sammlung des Roemer-und Pelizaeus-Museum umfasst heute etwa 9.000 Objekte aus allen Epochen, von der Vorgeschichte bis in die römische und christliche Zeit Ägyptens, umspannt damit also einen Zeitraum von über 5.000 Jahren. Den wichtigsten und größten Schwerpunkt bilden die Objekte des Alten Reiches (um 2707–2170 v. Chr.), die fast ausnahmslos aus den Grabungen auf dem Pyramidenfriedhof von Gizeh stammen. Daher gehört das Museum zu den wichtigsten Orten neben den Museen in Kairo und Boston, an denen man die Zeugnisse der Pyramidenzeit studieren kann.

Die Sammlung verfügt über weitere sehenswerte Schwerpunkte von hohem internationalem Rang; dazu zählen etwa die Stelen aus der Ramessidenzeit (13. Jh. v. Chr.), auf denen die Verehrung Ramses II. in Gestalt seiner Statuen dargestellt ist, sowie die Kultkapelle des Gottes Thot aus Tuna el-Gebel (um 300 v. Chr.).

Die Sammlung chinesischen Porzellans ging 1927 nach dem Tode von Ernst Ohlmer auf das Museums über. Die Sammlungen und das Museum sind zu Beginn des 20. Jahrhunderts in den Besitz der Stadt übergeben worden. Seit 1992 befinden sich 150 Gemälde der Künstlerin Waltraute Macke-Brüggemann und ein Großteil ihres grafischen und zeichnerischen Werkes als Waltraute-Macke-Brüggemann-Stiftung im Roemer- und Pelizaeus-Museum in Hildesheim.

In den Jahren 1998 bis 2000 konnte, auch durch breite Unterstützung von Hildesheimer Initiativen und Vereinen, ein Neubau für das Museum umgesetzt werden. Im Zuge des Neubaus wurde das Museum aus der Stadtverwaltung ausgegliedert, so dass es seit 2000 als gGmbH unabhängiger agieren kann. Das Museum erhält weiterhin einen jährlichen finanziellen Zuschuss von der Stadt Hildesheim.

Insbesondere zur Zeit des laufenden Neubaus wurden ausgewählte Stücke der altägyptischen Sammlung zu sehr erfolgreichen Sonderausstellungen nach Amerika und Asien verliehen. Neben den sehenswerten Dauerausstellungen ist das Museum besonders durch seine Sonderausstellungen bekannt geworden. Aufgrund seiner wissenschaftlichen Reputation gelang es dem Museum auch immer wieder, außergewöhnliche internationale Ausstellungen nach Hildesheim zu holen. Eng mit diesen Leistungen verknüpft ist der Name des langjährigen Museumsdirektors Arne Eggebrecht.